ゲームキューブ版の「ポケモンコロシアム」ご存知でしょうか？
これのストーリーモードがかなり面白いので、紹介します。
（なんと発売は2003年、私は全クリできませんでした…）

主人公が連れているポケモンは、エーフィーとブラッキー。
なんとダブルバトル専用です。

悪の組織（スナッチ団・シャドー）に立ち向かうのですが、その悪の組織はポケモンを洗脳して、ダークポケモンとして、戦闘マシンのように扱います。

主人公は、ダークポケモンをスナッチして、自分の仲間とし、徐々にポケモンの心を取り戻していきます。
（手持ちを増やすのは、スナッチするしか方法がなかったはず。）

NAVERまとめにあらすじも載っています。
wikipediaもいいですね。

舞台も、西部劇（砂漠）のような感じで、設定もかなりダークだし、最初のポケモンもエスパーとあくタイプだし、主人公も通常のシリーズよりクールな感じで、かなり大人向けです。
（というか主人公、元スナッチ団でした。この設定もすごいな。）

ストーリーだけ知りたい人は、こちらへどうぞ。

リメイク出ないかなーやりたいなぁ…

これの続編「ポケモンXD 闇の旋風ダーク・ルギア」もあるということで、それのストーリーはこちら。
（舞台はポケモンコロシアムの5年後だそうです。）
前作の主人公は登場しないのかー。